১০ নভেম্বর ৪৭ জন নৌসেনা নিয়ে বাংলাদেশ নৌবাহিনী গঠিত হয়। এই বাহিনীতে দুটি গানবোট—পদ্মা ও পলাশ ছিল। পদ্মা ও পলাশ চালনা-মংলা এলাকায় অভিযান পরিচালনা করে। তাদের অভিযানে পাকিস্তানের কয়েকটি জাহাজ ধ্বংস হয় এবং মংলা বন্দর অকার্যকর হয়ে যায়। এ ছাড়া পাকিস্তানিদের জন্য সাহায্যসামগ্রী নিয়ে আসা জাহাজসহ কয়েকটি বিদেশি জাহাজকে গন্তব্য পরিবর্তন করে কলকাতা বা অন্যত্র চলে যেতে বাধ্য করে।
নৌ কমান্ডো
ভারতীয় বাহিনীর তত্ত্বাবধানে প্রায় ৫০০ মুক্তিযোদ্ধাকে প্রশিক্ষণ দিয়ে নৌ কমান্ডো দল গঠন করা হয়। পশ্চিমবঙ্গের পলাশীসংলগ্ন ভাগীরথী নদীতে তাঁদের প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়। আগস্ট মাস থেকে নৌ কমান্ডোদের অভিযান শুরু হয়। তারা চট্টগ্রাম, মংলা, নারায়ণগঞ্জ, দাউদকান্দি ও চাঁদপুর বন্দরসহ বিভিন্ন বন্দরে অভিযান পরিচালনা করেন। তাঁদের অভিযানে পাকিস্তানি বাহিনীর ছোট–বড় ২৩টি নৌযান এবং প্রায় ২০ হাজার টন সম্ভার ধ্বংস হয়।